实验室实行理事会指导下的主任负责制，主任领导下的研究或服务中心主任负责制，形成职责分明、相互协调的内部管理机制。

        实验室设立指导委员会及学术委员会，下设电子商务云计算技术研究中心、大宗物品电子商务交易技术研究中心、消费品电子商务交易技术 研究中心、跨境电子商务交易技术研究中心、电子商务可信交易保障技术研究中心、未来电子商务研究中心、电子商务教育与培训中心、电子商务公共服务中心和与办公室。